Das Koordinationsgremium Universitäre Medizin Zürich (UMZH), in dem sich das USZ nebst Vertretenden der UZH, der ETH Zürich, der Universitätsklinik Balgrist, des Universitäts-Kinderspitals und der Psychiatrischen Universitätsklinik Zürich engagiert, hat zum Ziel, die Zusammenarbeit aller beteiligten Institutionen in den Bereichen Forschung, Lehre und Patientenversorgung zu fördern.
Das Comprehensive Cancer Center Zurich (C3Z) ist ein gemeinsames Exzellenzzentrum des USZ, der UZH sowie der universitären Spitäler Universitätsklinik Balgrist und Universitäts-Kinderspital, das eine innovative Krebsforschung, exzellente Patientenversorgung und die interdisziplinäre Ausbildung fördert.
Mit The Loop Zurich engagiert sich das USZ bei einem gemeinsamen medizinischen Forschungszentrum zusammen mit der UZH, der ETH Zürich und den drei weiteren universitären Spitälern. Ziel von The Loop ist es, mithilfe der Biomedizininformatik, patientenzentrierte Forschungsprojekte voranzutreiben. So gewonnene neue medizinische Erkenntnisse werden im klinischen Umfeld getestet und validiert.